南通組織數字PCR研究方案
聚合酶鏈反應注意事項：在實驗過程中要防止RNA的降解，保持RNA的完整性。在總RNA的提取過程中，注意避免mRNA的斷裂；為了防止非特異性擴增，必須設陰性對照；內參的設定主要為了用于靶RNA的定量。常用的內參有G3PD（甘油醛-3-磷酸脫氫酶）、β-Actin（β-肌動蛋白）等。其目的在于避免RNA定量誤差、加樣誤差以及各PCR反應體系中擴增效率不均一各孔間的溫度差等所造成的誤差；PCR不能進入平臺期，出現平臺效應與所擴增的目的基因的長度、序列、二級結構以及目標DNA起始的數量有關。故對于每一個目標序列出現平臺效應的循環數，均應通過單獨實驗來確定；防止DNA的污染：采用DNA酶處理RNA；在可能的情況下，將PCR引物置于基因的不同外顯子，以消除基因和mRNA的共線性。聚合酶鏈反應可以選擇這些突變來理解蛋白質是如何完成其功能的，并改變或改善蛋白質功能。實時熒光定量PCR以熒光化學物質測每次聚合酶鏈式反應（PCR）循環后產物總量的方法。南通組織數字PCR研究方案
引物的設計注意事項：1，引物設計要跨內含子，不能在一個外顯子上（我們的實驗是以cDNA為模板來擴增的，如果有DNA污染的話，因為DNA上含有分子量很大的內含子，不可能完成擴增。這對我們消除整個實驗的誤差起很大的作用）。2，引物設計的時候要盡可能設計在同一退火溫度，方便于以后同時擴增很多不同的基因片段。但是如果相差比較大，就得分開做，浪費模板，浪費管家基因，所以每個實驗室設計引物的時候要盡可能一致，這樣就不用每次查退火溫度，且對整個實驗有利。南通分子生物學熒光PCR方案在PCR產物中，由于內標與靶模板的長度不同。
Real-time PCR操作流程：1、收集樣品。2相關試劑總RNA提取試劑TREzolReagent(RNA提取試劑),M-MLV（cDNA逆轉錄酶）,RNA純化試劑,RealqPCRMasterMix（螢光定量PCR預混試劑）。3實驗儀器螢光定量PCR儀;PCR儀；低溫離心機。4總RNA提取。5cDNA合成在0.5ml的離心管中加入1µl模板總RNA（1µg/µl）；Real-time PCR操作流程：2µl隨機引物（T18,10pmol/ul）；2µl10mMdNTPmix；加水至15µl體系?；靹蚝?0℃變性RNA5分鐘，冰上速冷1分鐘，離心將溶液收集至管底加入6µl5×PCRbuffer；1µlRNaseout；1µlM-MLVRT；加水至30µl體系。PCR儀中反應條件設定37℃延伸60min，70℃保溫15min終止反應。合成好的cDNA置于-20℃保存備用。
Real-time PCR實驗注意事項-防止RNA酶污染的措施：1.所有的玻璃器皿均應在使用前于180℃的高溫下干烤6hr或更長時間。2.塑料器皿可用0.1%DEPC水浸泡或用氯仿沖洗（注意：有機玻璃器具因可被氯仿腐蝕，故不能使用）。3.有機玻璃的電泳槽等，可先用去污劑洗滌，雙蒸水沖洗，乙醇干燥，再浸泡在3%H2O2室溫10min，然后用0.1%DEPC水沖洗，晾干。4.配制的溶液應盡可能的用0.1%DEPC，在37℃處理12hr以上。然后用高壓滅菌除去殘留的DEPC。不能高壓滅菌的試劑，應當用DEPC處理過的無菌雙蒸水配制，然后經0.22μm濾膜過濾除菌。5.操作人員戴一次性口罩、帽子、手套，實驗過程中手套要勤換。6.設置RNA操作專業使用實驗室，所有器械等應為專業使用。由于在PCR擴增的指數時期，模板的Ct值和該模板的起始拷貝數存在線性關系，所以成為定量的依據。
Real-time PCR螢光染料摻入法:在PCR反應體系中，加入過量SYBR螢光染料，SYBR螢光染料特異性地摻入DNA雙鏈后，發射螢光信號，而不摻入鏈中的SYBR染料分子不會發射任何螢光信號，從而保證螢光信號的增加與PCR產物的增加完全同步。此方法適用于：1、靈敏度高：使用SYBR可使螢光效果增強到1000倍以上。2、通用性好,不需要設計探針,方法簡便,省時,價格低廉。3、通用型方法，在國內外科研中普遍使用。4、高通量大規模的定量PCR檢測。5、專一性要求不高的定量PCR檢測。PCR擴增時在加入一對引物的同時加入一個特異性的螢光探針。湖州分子生物學數字PCR
實時熒光定量PCR通過內參或者外參法對待測樣品中的特定DNA序列進行定量分析的方法。南通組織數字PCR研究方案
引物的設計對于這個實驗至關重要，因為Real-time PCR的檢測靈敏度比較高，所以相應的對引物設計的要求就很高。普通的要求規則大家都知道，還有幾點必須注意：1，引物的錯配率（引物錯配形成引物二聚體，但是SYBR照樣能嵌入進去，結果導致實驗結果的誤差很大，重復性也不好）。2，引物的特異性一定要高（不像常規PCR，引物同源性不高，只要兩條產物的片段長度相差足夠大，在電泳的時候能夠區分開就可以。Real-time PCR只有在熔解曲線的時候能分開，所以這就造成整個實驗結果誤差很大，不可信）。南通組織數字PCR研究方案
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